Flaga Warszewa powstała z inicjatywy członków stowarzyszenia Nasze Warszewo, przede wszystkim pana Radosława Porwicha.

Projekt został opracowany na podstawie materiałów przekazanych Stowarzyszeniu przez muzeum Landsmannschaft Pommern ze Szlezwiku-Holsztynu. Był to zbór rozmaitych herbów związanych ze szczecińską dzielnicą. Po przejrzeniu wszystkich zdecydowano się na dwa półksiężyce – symbol wykorzystywany przez cysterki, do których niegdyś należała wieś Warszewo oraz krzyż – symbolizuje kościół, wokół którego od początku koncentrowało się życie wsi. Kolor niebieski tła flagi może wywodzić się z herbów pomorskich samorządów, które używały barw niebieskich i białych.

Flaga o powierzchni 9 m2 została uroczyście wciągnięta na maszt podczas obchodów 750. urodzin dzielnicy w dniu 3. września 2011 roku.